De rechtspraak van de Gemeenschapsrechters onderwerpt OLAF-onderzoeken aan effectieve rechterlijke controle. Eindrapporten en het doorgeven van informatie aan nationale autoriteiten zijn voorbereidende, niet-bindende handelingen en kunnen daarom niet met een beroep tot nietigverklaring worden aangevochten. Toch blijft toetsing mogelijk: via een schadevergoedingsactie op grond van de niet-contractuele aansprakelijkheid van de Gemeenschap. In zaken als Camós Grau, Giraudy, Nikolaou en Franchet & Byk kende de rechter schadevergoeding toe wegens schending van de onschuldpresumptie, de vertrouwelijkheidsplicht, de rechten van verdediging en het beginsel van behoorlijk bestuur, vaak na lekken naar de pers. Zo ontstond een indirecte controle op de waarborgen rond OLAF-onderzoeken.

Een onderzoeksproject onder leiding van prof. Anna Maria Maugeri (Universiteit van Catania) analyseert systematisch de EU-wetgeving over fraude, corruptie, witwassen en de aansprakelijkheid van rechtspersonen, met als doel de bescherming van de financiële belangen van de Unie te versterken. Doordat de EU-instrumenten ongelijk worden geïmplementeerd, ontstaat een wisselend beschermingsniveau dat de EU-begroting en de geloofwaardigheid van de instellingen onder druk zet. Het onderzoek beoordeelt de effectiviteit en implementatie van onder meer de PIF-richtlijn (2017/1371), Verordening 2988/95, de anticorruptierichtlijn (2026/1021), de antiwitwaswetgeving en de confiscatierichtlijn (2024/1260), en bekijkt de rol van het EOM bij PIF-delicten.

In zaak T-48/05 kende het Gerecht van eerste aanleg Yves Franchet en Daniel Byk 56.000 euro schadevergoeding toe wegens fouten van de Europese Commissie en OLAF tijdens het Eurostat-onderzoek. De uitspraak raakt drie punten. De onschuldpresumptie werd geschonden door een persbericht van 9 juli 2003, terwijl het informeren van een parlementaire commissie geen schending opleverde. OLAF verzuimde de betrokkenen tijdig te informeren en te horen voordat conclusies met naam en toenaam aan de justitiële autoriteiten werden doorgegeven. Ten slotte had OLAF het Comité van toezicht moeten raadplegen vóór doorzending aan de nationale gerechtelijke autoriteiten, niet pas op het moment daarvan.